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El templo ha sufrido diversas restauraciones. En especial la realizada tras el terremoto de 1428 y la de 1830 que redujo a tres las cinco naves originales. Las dimensiones de la nave principal son las originales : 60 m. de largo por 9 de ancho. En el crucero y en los muros de la nave central se hallan las tumbas de muchos de los condes de Besalú y Barcelona como Guifré el Pelós, Ramon Berenguer III y IV.
La obra principal del monasterio y de la escultura románica de Catalunya, es la portada del siglo XII. Se divide en siete franjas horizontales donde se representan escenas bíblicas, históricas y alegóricas. La rica iconografía combina los grupos temáticos entre motivos florales de gran exuberancia y ornamentaciones de líneas geométricas, sin ningún lugar en que el cincel no se haya dejado sentir. A ambos lados del portal están las imágenes mutiladas de San Pedro y San Pablo.
El claustro del templo consta de dos pisos. Fué iniciado en siglo XII, quedando paralizada la construcción hasta fines del siglo XIV. La galería superior quedó completada en el siglo XVI. Tiene forma trapezoidal y consta de 112 arcos semicirculares y 252 columnas de capiteles esculpidos con motivos religiosos, mitológicos y populares.

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